在进行 NGS 结果分析的时候，很多时候我们向快速查看一下从测序公司得的测序文件，这里有一个比较好的查看工具就是 Blat 当然你可以使用在线版本的快速查看，有时候在线版本并没有涵盖你分析物种的基因组，就不得不使用本地版本，这里介绍下本地版本 blat 的使用。

Blat的本地版本的安装

• 首先现在下载去 UCSC 网站下载 Blat 下载到本地是一个zip压缩文件 blatSrc.zip
• 执行命令 unzip blatSrc.zip 解压文件，解压后不能直接安装需要配置一下
• 配置安装 blat:我的在 Linux 下进行的，在终端依次输入
• MACHTYPE=i686　　 //在这里如果是32位操作系统的话就改为i386
• export MACHTYPE　　 //导入本地
• chmod +x ~/bin/$MACHTYPE //确保这个文件可执行
• vim ~/.bashrc 复制这条命令export PATH="$PATH:/home/yangfang/bin/i686" 到 bashrc 中
• 然后进入 blat 文件夹下的 lab 文件夹下查看又没有 i686 这个文件夹，若没有终端执行 mkdir $MACHTYPE 创建
• 切断到 blatSrc 目录终端执行 make 就安装成功了

Blat的使用

• 由于 blat 加入了环境变量，所以终端的任何目录就可以执行 blat 命令了
• 下面是一个典型的 RNA-seq 使用 blat 快速 map 的方法
• blat GCF.fa test_R1.fasta output.psl -q=rnax -t=dnax //其中 GCF.fa 是参考基因组,test_R1.fasta 是标准的 fasta 格式文件 output.psl 是输出map的结果, -q 和 -t 是相应的参数，具体参数说明可以查看 UCSC 关于参数的说明

Blat结果查看

• 查看 .psl 文件可以使用 IGV 软件来查看
• 下载后执行 unzip IGV_2.3.68.zip　解压
• 然后到解压目录执行 java -Xmx750m -jar igv.jar 就可以使用本地IGV来查看 .psl 格式文件的结果了

相关参考

BLAT Integrative Genomics Viewer (IGV)