小小羊

R 语言积累

　　积累一些在使用 R 语言编程中常用到的一些方法:

批处理 R 脚本使用

$ R CMD BATCH script.R

R 获取帮助

##　使用 help()　或 ?

help(seq)
#或者
?seq

example() 运行例子代码

example(seq)

使用 help.search() 或 ??

help.search(ggplot2)
#或
??ggplot2

批处理模式帮助

R CMD BATCH --help
R CMD INSTALL --help

google 中搜索 R 脚本技巧

可以使用google 的文件类型准测，例如搜索permutations类型的R 语言脚本可以这样搜索

filetype:R permutations -rebol

其中 ‘-rebol’ 是去掉 REBOL 语言中的.R脚本

向量化的 ifelse() 函数

ifelse(b,u,v)判断b为真返回值为u若为假则返回值为v

> x <- 1:5
> y <- ifelse(x%%2 == 0,'yes','no')
> y
[1] "no"  "yes" "no"  "yes" "no"

测试向量相等　all() 和 identical()

  • all()相等即可，而identical()要求完全相等
> x <-1:2
> y <- c(1,2)
> all(x==y)
[1] TRUE
> identical(x,y)
[1] FALSE
> typeof(x)
[1] "integer"
> typeof(y)
[1] "double"

source()将函数代码读入R中


source("script.R")

R 中匿名函数

inc <- function(x) return(x^2)

function(x) return(x^2)

ubuntu中安装 Rstudio

  • 下载 Rstudio 安装包
wget "https://download1.rstudio.org/rstudio-xenial-1.0.153-amd64.deb"
  • 手动安装
sudo dpkg -i rstudio-xenial-1.0.153-amd64.deb
  • 可能会出现依赖关系错误，执行强制安装
sudo apt-get -f install

合并数据框

  • 有时会连续读取很多文本，文本要以数据框形式合并便于使用 ggplot2 画图，可以使用ls() 和 do.call() 方法实现。
# test data frame
test_data <- data.frame("K"= c('A','B','C'),"V" =c(1,2,3))
# list store 10 data frame 
ls <- list()
id <- 1:10
for (i in id) {
  ls[[i]] <- test_data 
}
# combine
all_data_frame <- do.call("rbind", ls)

循环体结构中保存ggplot绘图

  • 使用ggplot2绘图单次保存PDF没问题，放入循环体中则所有保存的PDF都为空白。是ggplot2的问题，需要加个print()函数解决。

  • 例如：单次保存PDF，没有问题


p <- ggplot(all_data, aes(x = V1, y = V2))
base_dir <- "~/home/test/"
pdf(paste0(base_dir,"test.pdf"),height =7.08, width=10.43)
p
dev.off()
  • 循环体中保存绘制图片p，必须加print()函数才能正常保存。

for(i in 1:10){
  p <- ggplot(all_data, aes(x = V1, y = V2))
  base_dir <- "~/home/test/"
  pdf(paste0(base_dir,i,"test.pdf"),height =7.08, width=10.43)
  print(p)
  dev.off()
}

ggplot2中去掉默认灰色背景

  • 开头加入 theme_set(theme_bw()) 即可

library(ggplot2)
theme_set(theme_bw())

2021-5-2更新

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