记录下使用 DESeq2 package 的使用方法。 DESeq2 也是基于分析 RNA-seq counts 数据来进行差异表达基因的分析包。
使用 kallisto 可以对原始 RNA-seq 数据的 Reads 结果进行分析，统计每一基因的 counts 估计值、 TPM 值等对寻找差异表达基因有用的值， kallisto 是基于 pseudoalignment 的算法，能够快速分析二代测序结果，而其结果的分析与解读工具又可以使用相应的 R 包来完成，就是 Sleuth,不过这个包还再开发完善中，并未发表相关的文章，鉴于是针对 Kallisto 的下游分析工具，可以先来尝试一下 Sleuth 包的安装
对二代测序结果的下游分析软件很多，这里记录下使用 edgeR package 的使用方法。 edgeR 可以适用与 RNA-seq, SAGE-Seq 或者 ChIP-seq 数据的分析， degeR 基于 Robinson 和 Smyth 开发的精确统计方法来分析多 group 的实验结果，同时也基于 McCarthy 等人开发的广义线性模型(glms)方法来进行多因子实验的的统计分析。
在使用 Linux OS(Fedora) 时候，会碰到内核版本更新后无法进入 KDE 桌面的情况，需要重新编译下最新显卡驱动，无法进入桌面只能进入命令行模式进行操作, 使用 Ctrl+Alt+F2 进入一个终端，需要用一个 U盘 来拷贝一个最新的 N 卡驱动到本地，那么如何挂载一个外置硬盘或者 U盘 呢，记录一下挂载方法
设置环境变量,就是来告诉 Shell 到哪里去找你要执行的命令,例如执行 pwd 命令,就能显示当前工作目录,其实 Shell 在执行这个命令时候是在 /usr/bin/pwd 下寻找这个可执行命令的。若想在任何地方执行一个可执行文件,而不想在前面加上长长的绝对路径,就需要自己来设置环境变量了。
用 ggplot2 在 R 中画图,能够画出非常漂亮的统计图,由于 ggplot2 的作者 Hadley Wickham 在开发 ggplot2 的时候借鉴了 Photoshop 的图层的思想,使得利用ggplot2来画图,非常方便的维护和修改,画出来的图只需要修改每个图层的数值就行了,而不需求全面修改。
在 Sublime Text 3中配置Python IDE 的时候发现,基于 REPL 打开的 Python Console 不能直接在编辑代码时候直接用快捷键直接把代码送入 Console 中进行测试,复制一段代码再粘贴过去很不方便,想要用快捷键完成就得自己动手了。
在 Fedora 下安装一个非常强大的 Python IDE——->PyCharm-Community版本,有一个非常方面的方法,三步就可以安装上。记录一下方便以后再装